学术查重是指利用学术等文献检测平台进行文本查重，主要针对学术论文、期刊等文献进行查重比对，以发现文本相似度。在查重过程中，学术会检测整篇文档的内容，包括主体部分和参考文献部分。因此，学术查重会查参考文献，但通常会排除引用部分的重复内容，重点关注主体内容的原创性。

在使用学术查重工具时，需要注意参考文献的引用格式和排版，以免误导查重结果。此外，建议在撰写学术论文时，避免直接复制粘贴参考文献内容，保持原创性和学术诚信。同时，及时更新参考文献信息，确保文献引用的准确性和完整性，以提高文献质量和学术水平。